Наиболее яркие экспонаты в зале «Природа Юго-восточного Крыма» связаны с уникальным природным образованием – горным массивом Карадаг. Карадаг – горная группа, включающая несколько хребтов и отдельных вершин.

Современные исследователи считают, что в среднеюрскую эпоху более 150 млн. лет тому назад образовался разлом осадочных пород, по нему из земных глубин устремилась расплавленная магма, излившаяся огненными потоками лав.

Неоднократные подводные извержения образовали базальты, дациты, кератофиры, андезиты, липариты, туфы. В течение последующих миллионов лет вулканические породы подвергались сбросам, разломам, что нашло отражение в современном рельефе.

Карадаг называют минералогической жемчужиной, где известно около 100 минералов, в основном группы кварца – прозрачный горный хрусталь, фиолетовый аметист, желтый цитрин, серый халцедон, синеватый сапфирин, полосчатые агаты и ониксы. По словам А.Е.Ферсмана все оттенки красного сливаются в полную чудес сказку в карадагских сердоликах.

Яшмы Карадага, халцедонолиты, похожи на окаменевшую радугу. Голубовато-зеленый камень Святой горы — трас, черноморит. В вулканических породах широко распространены редкие в природе цеолиты, образующие звездчатые скопления кристаллов: игольчато белые натролиты, прозрачно белые анальцимы, красные гейландиты. В 1979 г. был создан Карадагский природный заповедник НАН Украины.

Флора Карадага имеет больше нигде в Крыму не повторяющуюся особенность: совмещение на малой площади степной, лесостепной и лесной флор – высших сосудистых растений 1775 видов, 43% всей крымской флоры. Основные виды юго-восточного Крыма – средиземноморские и евроазиатские.

В районе Феодосии 58 эндемиков, из них на Карадаге 53 вида. Только здесь произрастают боярышник Поярковой, пупавка Траншеля, эремурус Юнге. Можжевельник высокий, подснежник складчатый – реликтовые виды, сохранившиеся от прежних геологических эпох. В Красную книгу Украины внесено 76 видов Феодосийского района, из них 66 Карадагских.

В экспозиции представлены цветные фотографии краснокнижных растений, выполненные научными сотрудниками Карадагского заповедника Мироновой Л. П., Знаменской Л. В. Такие как: безвременник анкарский, мачок желтый, тюльпан двуцветковый коктебельский, тюльпан Шренка и др.

На Карадаге обычна куница каменная или белодушка, косуля европейская. Благородный олень очень редко заходит на Карадаг. В последние десятилетия возросла на Карадаге численность дикого кабана, акклиматизированного в Крыму в 1957 году.