Третья Карантинная церковь Иоанна Богослова расположена к западу от двух первых. Примыкающий к ней дворик, обнесенный каменной изгородью, придает ей своеобразный вид. В дворик выходят церковные двери, обрамленные плитами, украшенными очень скромной, чрезвычайно изящной резьбой: вокруг дверей жгутиком идет простенький профилек, над дверьми вырезан ряд процветших крестов. По бокам дверей прорублены два окна.

Внутри церковь, несмотря на малые размеры, поражает стройностью, изяществом форм. Алтарная абсида построена в форме ниши со стрельчатым сводом; на стенах абсиды видны следы углубленного в извести рисунка (ряд розеток). Вдоль всех стен церкви идет каменная скамья. Ц. Иоанна Богослова имела когда-то другой вход, заметный в восточной стене (все карантинные церкви ориентированы не на восток, а на юго-восток).

К юго-востоку от ц. Иоанна Богослова, видна четвертая церковь св. Стефана. По внешнему виду она очень сходна с ц. Иоанна Богослова; замечательна она сохранившейся в ней фресковою живописью.

Над входом в церковь обращает внимание небольшая ниша; в таких нишах обычно помещаются изображения святого, которому посвящена церковь. Судя по тому, что ниша отштукатурена, можно предположить, что в ней была фреска, погибшая от времени.

Все церкви Карантина, в особенности ц. Стефана, в течении долгого времени были в большом запустении, служили складом сена, дров, угля и т. д. Фрески ц. Стефана очень пострадали не только от запустения, но и от неумелого ремонта церкви. До нас дошли небольшие куски фресок на стенах и сравнительно хорошо сохранившаяся живопись в алтарной абсиде.

В своде абсиды, в верхнем поясе, изображен Деисус; посередине на троне сидит Христос, слева Богрматерь, справа Иоанн Предтеча.

От фигуры Христа сохранилась только нижняя часть, две других фигуры хорошо сохранились.

Под Деисусом—поясное изображение Богородицы с младенцем. Ниже — изображение „Тайной Вечери». Влево от окна абсиды—причащение вином (Христос с чашей и шесть-подходящих к нему учеников). Справа от окна причащение хлебом (такая-же группа).

Несмотря на то,что лики учеников сильно попорчены неумелой промывкой, они говорят о большом мастерстве художника, росписывавшего церковь. В оконной нише, в абсиде, изображение архангела. Слева от алтарной абсиды сохранились поясные изображения пророков, — внизу пророк Аввакум со свитком в левой руке, выше Давид (?). На восточной стене, на пилястрах, служащих опорой своду церкви, видны следы фресковой живописи.

На западной стене сохранились части фрески, изображавшей конного святого, едущего справа на лево. Сохранился круп лошади и задние ноги, попирающие поверженного человека, одетого в кальчугу, поверх которой надет плащ, и в своеобразный головной убор, напоминающий формой персидский шлык. Над лошадью виден лик святого и верхняя часть туловища, — можно разглядеть руку, в движении сдерживающем уздой коня, часть плеча с накинутым на него плащем. Остальная часть фрески погибла. На стене, противоположной алтарной абсиде, довольно хорошо сохранилось изображение страшного суда».

На правой половине изображен ад, — в огненной реке группы грешников, подходящих к сатане, сидящему на поверженном Иуде; здесь-же изображения наказаний грешников. Слева от двери — райские врата, с одной стороны которых заметна фигура Серафима, с другой — благоразумного разбойника. Левее — изображение Богоматери.

Живопись страшного суда исполнена другой рукой, менее опытного мастера, что может быть объяснено второстепенным значением стены, на которой изображен страшный суд. Живопись ц. Стефана построена на сочетании темно и светло-серого, розового и коричневого тонов, прекрасно сгармонированных, отличается строгостью и благородством стиля.

Датируется роспись второй половиной 14 века.

Вопрос о принадлежности церкви грекам или армянам до сих пор не решен. Живопись и греческие тексты указывают на греческое происхождение росписи; некоторые архитектурные детали — орнаментация полупилястр, поддерживающих стрельчатый свод церкви характерными „сталактитами», не вяжется с представлением о греческой архитектуре и скорее говорит об армянских влияниях.

Возле ц. Стефана стоит фонтан, по трубам которого и теперь после дождей сочится вода. В фонтан вделана плита с надписью на армянском языке.

На плане 1784 г. в районе Карантина значится двенадцать церквей; четыре из них описаны выше, местонахождение остальных не установлено. Архитектурные фрагменты, вделанные в стены церквей Иоанна Предтечи и Иоанна Богослова, по всей вероятности, взяты из развалин несуществующих в настоящее время церквей.

За карантинными стенами так-же был ряд церквей, не сохранившихся, и только на южном мысу, над морем видны развалины ц. Св. Ильи, неоднократно переделывавшейся и по этому потерявшей первоначальный характер.

Из других церквей, расположенных за стенами Каффы, сохранились развалины армянской ц. Св. Анны, на холме, за татарской слободкой, и армянский Георгиевский монастырь.

Около церкви монастыря—армянское кладбище с древними надгробиями. К юго-восточному углу ограды монастыря примыкает древний фонтан, облицованный известковыми плитами, в которые вделаны 4 мраморных плиты, покрытые типичным растительным орнаментом.