Кроме крепостных стен и башен, в Феодосии сохранилось большое число средневековых церквей, мечетей, фонтанов. На плане 1784 г., сделанном на другой год после присоединения Крыма к России, нанесено громадное количество»церквей и мечетей, но, благодаря большому запустению, царившему в Феодосии в первое десятилетие после присоединения Крыма к России, громадное число их было варварски разрушено. В одном районе теперешнего Карантина было 12 церквей, из которых сохранилось только 4. Этот район, чрезвычайно интересный в археологическом отношении, дает возможность познакомиться с типичной для крымского средневековья церковной архитектурой.
Из четырех церквей одна увенчана небольшим восмигранным куполом. Церковь (единственный документ на основании которого можно установить названия карантинных церквей—план 1784 г.) с куполом—Иоанна Предтечи состоит из двух частей: более древняя-небольшая, в плане квадратная церковь, без выступающей абсиды, и позднейшая пристройка с двухскатной крышей.
Внутри церковь украшена барельефным изображением „тайной вечери», (Христос посредине и с двух сторон по 6 апостолов), вделанным в стену алтарной абсиды. На абсидальных стенах слева рельефное изображение Иоанна Предтечи, справа неизвестного святого. Эти рельефы, не смотря на грубость работы, проникнуты большой искренностью мастера и прекрасно гармонируют с несколько суровой архитектурой церкви. В ц. Иоанна Предтечи в 1927 г. экспедицией государственных реставрационных мастерских под толстым слоем штукатурки были обнаружены 2 фрагмента фресковой живописи.
Один фрагмент (часть священных одежд) обнаружен в алтарной абсиде, другой на западной стене церкви. На втором, более сохранившемся фрагменте, видны нижняя часть одежд и ноги святого, стоящего между двумя коллоннами. Несмотря на небольшие размеры фрагментов, чувствуется рука первокласного мастера. Прекрасно сохранившиеся краски поражают богатством оттенков и красотой сочетаний. Живопись покрывала все стены церкви. Не исключена возможность обнаружения живописи под оставшейся штукатуркой.
Датируется живопись 14 веком, что говорит о том, что церковь была расписана вскоре после постройки. Соединяется древняя церковь с более поздней пристройкой тремя сводчатыми ходами. Средний проход переделан из старых прямоугольных дверей, обрамленных прекрасной орнаментацией. Орнамент слагается из двух параллельных поясов: наружный—типичная сельджукская плетенка из жгута, внутренний заполнен растительным орнаментом, типичным для ранне-татарской архитектуры в Крыму (сельджукское влияние). На этом образце интересно отметить смешения стилей, характерное для средневековой Крымской архитектуры.
Очень часто один и тот-же орнаментальный мотив можно встретить на армянском, генуэзском, греческом, татарском и еврейском архитектурном памятнике или надгробии. Если проследить аналогичные данному примеру случаи орнаментации, то прежде всего вспоминается очень близкий по построению орнамент портала мечети Хана Узбека в Старом-Крыму построенной в 1313 году, вспоминается очень близкий мотив на сталактитах михраба (место откуда мулла читает коран) в мечети с. Колечь-Мечети, а также детали орнаментации Феодосийских армянских надгробий.
Плетёнка, опоясывающая жгутом растительный фриз портала ц. Иоанна Предтечи, повторяется в орнаментации портала древней феодосийской синагоги.
В с.-в. стену пристройки к ц. Иоанна Предтечи вделана известковая плита с изображением конного святого, сражающегося с драконом. Над изображением надпись, совершенно стертая, которая, повидимому, не имеет отношения к изображению, так как икона высечена из мелкого песчанника, а надпись на известковой плите.
Возле ц. Иоанна Предтечи, с западной стороны, лежит прислоненный к стене орнаментированный камень, часть обрамления портала, перенесенный, по словам старожилов, от ц. Стефана. С восточной стороны, на уровне земли, можно видеть небольшие орнаментированные надгробия, вделанные в стену церкви.
К востоку от ц. Иоанна Предтечи, на пригорке, стоит вторая средневековая церковь; название этой церкви не сохранилось (по Вильневу ц. св. Георгия). Будучи по конструкции совершенно сходной с остальными церквями карантина, она несколько уступает им по размерам. Внутри она отштукатурена известью, под которой не обнаружено ни живописи, ни следов резьбы по камню.
В настоящее время она служит хранилищем карантинного архива, одного из самых старых архивов Феодосии.