В переходное время, от первого занятия русскими войсками и до окончательного присоединения Крыма к России, Каффа значительно пострадала внешне и сильно опустела. После 1783 года она приходит в еще большее запустение, благодаря систематической эмиграции татарского населения в Турцию и насильственного выселения из нее турок.
То, что сохранилось во время непосредственных военных действий из лучших построек города, вскоре, с началом „мирного строительства» новых владетелей его, было окончательно разрушено. Свидетельства русских и иностранных писателей об этом периоде варварского разрушения города сходятся между собою.
Посетивший Каффу в 1793-1794 годах; известный ученый Паллас пишет, что „теперь, за исключением нескольких кварталов, она (Каффа) представляет вызывающую жалость кучу развалин» (Паллас. Наблюдения, сделанные во время путешествия в 1793-4 г. т. II).
Еще более мрачную картину рисует посетивший ее в 1800 году английский ученый Кларк: „В настоящее время всего 50 семейств составляют население Каффы. Ужасные опустошения, совершенные русскими… не могут не вызвать негодования всех просвещенных народов… Во время нашего пребывания в Каффе мы видели, как солдаты либо разрушали прекрасные мечети этого города, либо превращали их в амбары, опрокидывали минареты, ломали общественные фонтаны, разрушали водопроводы ради небольшого количества свинца… Мы видели даже мраморы, описанные Одерико, разбитые и выставленные на продажу в развалинах древней генуэзской крепости» (Кларк. Путешествие по России, Татарии и Турции).
Вскоре однако русское правительство спохватилось, вспомнив прежнее торговое значение Каффы для Крыма, и сделало попытку к ее возрождению. Процесс разрушения города приостановился. Был восстановлен существовавший здесь при ханах монетный двор и приступлено к чеканке особой крымской монеты, которая однако вскоре была прекращена.
Особенно старались привести город в порядок к приезду в него Екатерины II (1787 г).
Сначала город, получивший вновь свое древнее название Феодосии, был сделан уездным. В 1798 году Феодосия была, в целях возрождения иностранной торговли, объявлена „порто-франко», сроком на 30 лет. Для привлечения иностранных купцов, иностранцам был предоставлен целый ряд льгот. И действительно, в этот тридцатилетний период Феодосия значительно оживляется, начинает отстраиваться, гавань ее наполняется судами, налаживается торговля с заграницей. Город становится самостоятельным административным центром с назначением в него особого губернатора. Население с 315 человек в 1802 г. увеличилось к 1829 г. до 3700 человек (Виноградов. Феодосия).
„За пятнадцать лет тому назад, она могла представлять путешественникам печальный вид разрушения; я этого не нашел в ней», пишет посетивший Феодосию в 1820 г. Муравьев-Апостол. —„Напротив того опрятные, прямые улицы; обширная чистая площадь; набережная, устроенная для прогулки» (Муравьев-Апостол. Путешествие по Тавриде в 1820 г. СПБ. 1823 г.).
С окончания срока „порто-франко», Феодосия вновь приходит в упадок и сходит на положение захолустного уездного городка. Еще раз она возрождается ненадолго после Севастопольской войны (1854-5 г.), когда от нее начали было строить на Москву железную дорогу.
Новый период подъема начинается с объявлением Феодосии торговым портом и постройкой гавани (1894 г). С этого времени вновь воскресает давно забытое исконное значение ее, как главного хлебо-экспортного центра для причерноморских степей. Вновь обширная гавань Феодосии наполняется теперь уже огромными океанскими пароходами, поглащающими сотни тысяч пудов зерна. Город начинает богатеть, обстраиваться красивыми зданиями, население его значительно возрастает.
Мировая война, годы разрухи и, наконец, экономическая блокада нанесли тяжелый удар благосостоянию Феодосии, от которого она едва только начинает оправляться в последние годы.
Пока торговля с заграницей терпит известные тормазы, Феодосия невольно пребывает в состоянии некоторой летаргии. Но достаточно наступить нормальным торговым отношениям с иностранными державами, как она еще раз надолго и пышно расцветет.
Впервые открытое 2500 лет тому назад греческими колонистами хлебоэкспортное значение Феодосии получило теперь лишь новое, еще более грандиозное содержание. И если из всех крымских городов Керчи предстоит будущее крупного промышленного центра, то Феодосия должна неизбежно стать самым крупным центром торговли с заграницей