Стремление подчинить себе Феодосийскую торговлю хлебом и вместе с тем охватить своим исключительным политическим и экономическим влиянием скифскую территорию между Феодосией и Пантикапеем, диктовали последней, наступательную политику.

Поводом для войны с Феодосией послужило то, что последняя стала убежищем для пантикапейских эмигрантов, искавших приюта в демократической Феодосии после происшедшего в Пантикапее монархического переворота, в результате которого там воцарилась династия спартокидов (438-7 г. до н. э.) Первое нападение пантикапейцев на Феодосию в средине IV в. до н. э. было успешно отбито. Однако при втором царе из династии Спартокидов — Левконе (387-347 г. до н. э.) Феодосия все же была побеждена и вошла в состав Боспорского царства, потеряв свою независимость.

Однако, в качестве подвластного Боспорскому царству, город Феодосия пользуется известными автономными правами, в том числе правом чеканки своей монеты. Ее выдающееся политическое положение среди других городов Боспорского царства подтверждается также тем, что Феодосия имела особого правителя, которым был наместник Боспорского царства. Свидетельства этому относятся даже ко времени III и IV веков нашей эры, когда торговое значение Феодосии сильно пало.

Экономическое ее значение также не уменьшается и она продолжает оставаться крупнейшим в Крыму портом для экспорта хчеба. Покоривший её Левкон сам расширяет и отстраивает Феодосийский порт. О размерах торговых оборотов Феодосии можно судить по тому, что во время неурожая в Греции туда было отправлено из Феодосийского порта 2.100.000 медимнов хлеба, т. е. около 525000 четвертей (5.250.000 п.)!

Вообще же из Крыма хлеба вывозилось в Грецию в количестве, равнявшемся половине всей ее потребности.

По договору Пантикапея с Афинами весь феодосийский хлеб теперь направляется в Афины, при чем афинские купцы освобождаются от пошлин и пользуются правом погрузки в первую очередь. И лишь излишками хлеба Феодосия продолжает торговать по прежнему с Византием (Константинополь), Синопою (Синоп), Родосом и др.

В третьем веке до нашей эры Феодосия продолжает оставаться по-прежнему крупнейшим экспортным центром, и в 286 г. Боспорский царь Спарток отправляет в подарок афинам из нее около 2625 четв. хлеба.

В течение всего периода своего зависимого существования Феодосия в политическом отношении разделяет судьбу Пантикапеи, подвергаясь вместе с ней неоднократным нападениям со стороны скифов, а в начале нашей эры и со стороны других кочевников, как-то алан, готов, гуннов и др.

Скифы, находившиеся при основании греческих колоний еще в процессе частичного перехода к оседлости и бывшие лучшими союзниками и контрагентами греков в торговле с другими варварскими племенами, впоследствии из друзей превратились во врагов, стремясь освободиться из торговой кабалы греков и ища свободных выходов к морю, которые все были в греческих руках. Отсюда родились постоянные набеги скифов на Боспорское царство и длительные войны. в результате которых в конечном итоге потеряли обе стороны. Выиграл от этой борьбы Понтийский царь Митридат, приглашенный на помощь против скифов Херсонесским государством. Разбив скифов, Митридат вместе с тем подчинил себе Боспорское царство (во II веке до нашей эры).

При поддержке скифов Феодосия — делает вместе с Паптикапеем попытку отложиться от Митридата (115-106 г. до н. э.). Но попытка эта кончилась неудачей. На усмирение восставших прибыл из Херсонеса полководец Митридата Диофант с морскими и сухопутными силами, взял Феодосию и Пантикапей и наказал виновных (Латышев В. В. Понтика. Изборник научн. и критич. статей. СПБ, 1909). После смерти Митридата Феодосия вместе со всем Крымом подчиняется верховной власти Рима, который долгое время распоряжается Боспорским престолом (в I в. до н. э.).

В 47 году до нашей эры Феодосия вновь принимает участие в Пантикапейской усобице между царем Фарнаком и узурпатором его престола Асандром. Феодосия была сначала занята, при помощи скифов и сарматов, Фарнаком, который однако вскоре был побежден Асандром.

Последнее документальное свидетельство о существовании Феодосии в качестве значительного центра относится к 306 году нашей эры, из которого мы узнаем, что Феодосия еще имеет своим правителем наместника Боспорского царства. В дальнейшем история Феодосии становится весьма неясной.

В начале нашей эры Феодосия, вместе с Пантикапеем, начинает все больше и больше хиреть. Причиной этому было главным образом то, что она потеряла самый крупный рынок для сбыта своего хлеба — Грецию, которая сама пришла в упадок. Новый же владыка мира — Рим получал хлеб из ближайших рынков Сицилии, Египта и Малой Азии. Продолжалась еще торговля такими товарами, как шкуры, меха, рыба, но и она падала вследствие появления в причерноморских степях новых кочевых орд, прервавших надолго нормальное течение жизни.

Современники уже во втором веке нашей эры называют ее «опустевшим городом», правда вероятно по сравнению с ее предыдущим цветущим состоянием, так как постепенно жизнь в ней, по-видимому, никогда не прекращалась. Во II в. н. э. население ее было очень смешанным. причём значитечьную часть его составляли евреи. В V, IX и X веках н. э. она также существовала в качестве, хотя и небольшого, населенного пункта. Но теперь она не имела уже никакого торгового значения, и влачила жалкое существование мало известного городка, именующегося Каффой, вплоть до середины XIII века, когда она становится торговой факторией генуэзских купцов.