Власти предпринимали попытки возрождения города. Манифест от 22.02.1784 г. предписал «в рассуждении выгодности Феодосии, инако Кефой именуемой, … открыть оную для всех народов в пользу торговли их с российскими подданными». Указом от 13.08.1785 г. в Феодосии было возобновлено городское строительство. Вскоре после присоединения Крыма к России в Феодосии была устроена одна из трех главных таможен Крыма. Городу и его жителям, включая новых поселенцев, были даны торговые и иные льготы. В 1787–1788 гг. на бывшем ханском монетном дворе чеканилась русская «таврическая» монета. В 1787–1799 гг. Феодосия являлась центром православной Феодосийско-Мариупольской викарной епархии, а кафедральным храмом епископов Феодосийских и Мариупольских была старинная феодосийская греческая церковь Введения во Храм Пресвятой Богородицы.

В 1786 г., по замечанию французского путешественника Ж. Ромма, в Феодосии проживали 488 татар (в том числе 276 женщин), около 700 армян, немногочисленные греки и евреи. Посетивший город в свите императрицы Екатерины II в мае 1787 г. граф де Сегюр писал о «едва 2000 жителях, бродящих среди развалин храмов, дворцов, пышных зданий».

Согласно распоряжению Г. А. Потемкина, с 1787 г. Феодосию стали заселять в основном христиане – греки, армяне, русские. Именно в это время наметилось сохранявшееся до середины XIX в. численное преобладание греков над другими этническими группами ее населения. В 1794 г. Феодосия была назначена «местом всегдашнего … пребывания» греческих переселенцев с острова Занта с предоставлением им значительных льгот.

Но в годы русско-турецкой войны (1787–1791) наметившееся возрождение Феодосии прервалось, и в дальнейшем жизнь в ней едва теплилась. С упразднением в 1796 г. Таврической области Феодосия даже не значилась в списке штатных городов Российской империи.

Указом от 13.02.1798 г. в Крыму учредили режим беспошлинной торговли – порто-франко. Ввоз на Крымский полуостров заграничных товаров и вывоз за рубеж отечественных осуществлялся через феодосийскую и евпаторийскую гавани, а все остальные малые гавани закрывались. Все таможенные пошлины взимались при перемещении товаров через северные границы полуострова в Перекопе и у Генической переправы. Двенадцать статей указа перечисляли права и привилегии жителей Крыма и иностранных поселенцев.

Преимущества порто-франко приводили к бурному росту торговой активности, что в свою очередь способствовало более быстрому экономическому развитию территорий порто-франко (как правило отдельных портовых городов) по сравнению с другими районами страны. Однако опыт порто-франко на огромной территории Крымского полуострова в силу разных причин – экономических, политических, демографических – оказался неудачным. Так, по замечанию П. И. Сумарокова «Кафа пользуется преимуществом порто-франко… по причине пустоты сего края, скудости жителей, за неимением в Кафе контор, магазейнов, притом малого привоза из России сюда товаров… торговля в Кафе, равно и по всему Крыму, не в цветущем пребывает состоянии». Не удивительно, что объявленное на 30 лет порто-франко в Крыму просуществовало всего лишь около полутора лет и уже в конце следующего, 1799, года было ликвидировано. Феодосия утратила все недавно дарованные ей привилегии. С отменой беспошлинной торговли, казалось, растаяли все надежды на возрождение Феодосии.

К идее учреждения режима порто-франко в Феодосии возвращались в 1802 г и в 1816 г., но дальше проектов и предложений дело не сдвинулось. В 1817 г. порто-франко предоставили Одессе.