В настоящее время археологическое отделение отражает быт двух эпох: древнегреческой колонизации Крыма, начиная с VI века до Р.Х., затем идет период византийского владычества, представленного небольшим количеством экспонатов, и генуэзский подотдел, отражающий татаро-генуэзский период. Последний отдел наиболее ценен, так как это единственный по количеству генуэзских памятников отдел в советской России.
В настоящее время все внимание обращено на принцип построения музея, — но чисто организационная работа, переведение археологического отделения с горы Митридат в дом Айвазовского, экспонирование на новом месте и по новому принципу, несколько отдаляют организацию отдела «Новой Феодосии».
Для отдела «Новой Феодосии» в музее имеется, как самостоятельный отдел, галерея Айвазовского (галерея И. К. Айвазовского была открыта для публики с 1880 г. В начале 1920-х гг. ее коллекции стали стремительно расти за счет экспроприированных в Феодосии и окрестностях картин и других художественных ценностей). Это единственная и самая полная в Союзе галерея, где собраны произведения одного художника, охватывающие все периоды его творчества. Кроме того, для будущего отдела «Новой Феодосии» имеется еще богатый живописный материал: работы местных художников — Богаевского, Волошина, Латри и Фесслера (художники Киммерии: Богаевский Константин Федорович (1872.1.12, Феодосия — 1943.11.17, Феодосия), Волошин Максимилиан Александрович (16.У.1877, Киев — 11.УШ.1932, Коктебель), Латри Михаил Пелопидович (1875.Х.31 — 1942.11.11, Париж), Фесслер Адольф Иванович (1826.1У.8, Богемия —1885.Н.8, Феодосия)).