После смерти Граперона ординатор керчь-еникольского госпиталя Дубицкий приобрел часть библиотеки, принадлежавшей Граперону, «известному в здешнем крае по хирургическим своим знаниям и занятиям по археологической части», в числе которой оказались его документы 1818-1840 о древностях юга России. Они были пожертвованы Одесскому обществу истории и древностей 7 июня 1849 г.
Позднее эти материалы были объединены с рукописями, собранными Н. Н. Мурзакевичем, и составили «Сборник Ивана Ивановича Граперона, карантинного доктора, заведывавшего и Феодосийским музеем древностей. Собрал Н. Н. Мурзакевич. 1874 г.».
Сборник включает планы Феодосии и ее укреплений, список градоначальников Феодосии и Керчи с 1804, выписки по древней и средневековой истории Крыма, материалы по древней географии Северного Причерноморья (соответствия древних и современных названий населенных пунктов), хронологические таблицы царствований боспорских династов и римских императоров (по Ф. Кари и И. А. Стемпковскому), прориси и списки монет Боспорского царства, рисунки античных надгробий и копии херсонесских, боспорских, генуэзских надписей; «Опись вещам, составляющим Феодосийский музеум, учинена июня 30 дня 1818 г.», составленная «Гальерой»; разновременные записки об основании музея, описания его фондов и инвентари «медалям» (на фр. яз.), черновики писем Граперона, письмо к нему Я. В. Э. Тетбу де Мариньи из Одессы 4/16 марта 1830 г. и официальное отношение Одесского общества истории и древностей (1840)