С 1834 медик вновь жил в Феодосии и к концу жизни дослужился до чина статского советника, в третий раз получил «монаршее благоволение» (1841) и в знак особых заслуг был удостоен премии в размере двухгодового оклада.
24 августа 1847 по распоряжению министра внутренних дел Граперон был вызван в Петербург с целью участия в работе специальной комиссии «для выработки нового законоположения о чумной заразе» и 6 месяцев прожил в столице. На обратном пути в Крым, под Курском, 74-летний доктор был зверски убит грабителями.
С 30 июня 1818 вплоть до своей гибели Граперон являлся хранителем ФМД, возглавляя музей в течение 30 лет. Из-за частых и продолжительных его командировок присмотр за музеем осуществлял сначала А. Галлера, затем коллега по Феодосийскому центральному карантину, его непременный член И. М. Казанли (Коцанли).
Возможно, как и А. Галлера, Граперон проводил раскопки феодосийских курганов с антикварными целями, собирал монеты и другие памятники в различных регионах Новороссийского края. В ноябре 1827 Граперон приобрел в Керчи для ФМД мрамор с древнегреческой надписью «у людей, выкопавших его» (КБН 73, манумиссия с упоминанием месяца артемисия, первой половины II в. до н. э.).