Депутацию Лигурийского Королевского общества истории Отечества Феодосия принимала в августе 1913 г. Она прибыла в город на яхте «Каффа» во главе с председателем общества маркизом Чезаре Империале ди Сант-Анджело. 20 августа 1913 г. генуэзцы посетили Феодосийский музей древностей, где их принимал Л. П. Колли, и поднесли в дар музею от муниципалитета города Генуи собрание редких книг. Тома «Atti della Societa ligure de storia patria» содержат ценные материалы по истории крымских колоний генуэзцев и сейчас составляют гордость музейного книжного собрания. Дальнейшему сотрудничеству с Лигурийским обществом помешали Первая мировая война и революция 1917 г.
В сентябре 1914 г. музейные коллекции в целях безопасности были вывезены в Симферополь, а уже 16 октября 1914 г. Феодосия подверглась бомбардировке турецким крейсером. Коллекции музея вернулись в Феодосию в начале 1918 г., и музей возобновил свою работу. В 1918 г. хранителем музея стал В. Д. Гейман — ученик Л. П.Колли, краевед и журналист. Ему выпала тяжелая доля уберечь и сохранить музей в годы революции и Гражданской войны. В. Д. Гейман попытался издать новый «Указатель музея древностей». В фондах музея хранится датированный мартом 1919 г. черновик подготовленного им «Указателя…», который так и не был издан.
В ноябре 1920 г. в Феодосии установилась советская власть. Музей начинает жить и работать в новых исторических условиях. Сотрудники музея проводят собирательскую работу по теме «Революция и Гражданская война в Крыму», в экспозиции появляется раздел, посвященный этим событиям. В 1925 г. музей переезжает в дом художника И. К. Айвазовского, где он находился до 1 апреля 1988 г.