После турецкого завоевания 1475 года южное побережье полуострова, берега Керченского пролива и часть горного Крыма вошли в состав Османской империи. С 1478 года в вассальной зависимости от турецкого султана находилось Крымское ханство. Господство Оттоманской порты подкреплялось турецкими гарнизонами, поставленными в ключевых пунктах полуострова. Административным, политическим, военным и торговым центром турок в Крыму стала Каффа (Кефе – Кучук – Стамбул – Крым – Стамбул – Ярым-Стамбул). Кефе дала свое имя провинции Османской империи – Кефской Ливе, которая охватывала территорию юго–восточного Крыма и Тамани. Земли, прилегавшие к городу составляли особый административный округ – Кефейский Кадылык. В Кефе размещалась резиденция наместника турецкого султана, в управлении которого находились турецкие владения в Крыму и некоторые крепости вне полуострова. В конце XV — начале XVI века такими губернаторами Кефской Ливы были будущие турецкие султаны Мехмед II и Сулейман Великолепный. Кефе рассматривалась турецкими властями как опорный пункт в военной политике в отношении Молдавии, Польши, Персии. Отсюда же осуществлялся надзор за Крымскими ханами.
В период Османского владычества Кефе оставалась крупнейшим городским центром Северного Причерноморья. После некоторого упадка, вызванного событиями 1475 года, в XVI – XVII веках наступило время нового расцвета города. Несмотря на изменение мировых торговых путей, политического положения региона – в конце XV – конце XVII века. Черное море являлось как бы внутренним морем Османской империи – за Кефе сохранилось значение важного пункта посреднической торговли Западной и Восточной Европы, Азии, а также торговли между городами Османской империи. Одной из задач Кефе являлось обеспечение подвоза в Стамбул продовольственных товаров и сырья. В городе шла торговля ремесленными изделиями разных стран и продукцией местных ремесленников. Турецкий путешественник Эвлия Челеби (вторая половина XVII века) говорит о 167 ремеслах в Кефе. Здесь трудились портные, ювелиры, сапожники, ткачи, гончары, кузнецы. В экспозиции представлены керамические изделия из Кефе: подсвечник, поливная посуда.
В эпоху туречкого владычества одной из важнейших отраслей экономики города была торговля «живым товаром» — рабами. На рынки Кефе рабов поставляли крымские и ногайские татары, народы Кавказа: черкесы, абхазцы и др. Рабский труд широко использовался и в самом городе. По свидетельству французского инженера Гийома де Боплана (40–е годы XVII века) в Кфе было не менее 30 000 невольников в качестве прислуги христианского и мусульманского населения.
Город Кефе был крупным культурным и религиозным центром Османской империи. В городе находились мусульманские духовные училища – медресе, текие дервишей (общежития странствующих мусульманских монахов). В XVII веке здесь, по словам Эвлии Челеби, было 60 больших и малых мечетей. Главная мечеть, Султам – Селим, — огромное двенадцатикупольное здание (разрушено в первой половине XIX века) – была возведена на месте христианского храма в центре города (современный Матросский Сад). Представление об архитектуре мусульманских культовых сооружений турецкого времени дает единственная из сохранившихся турецких мечетей — Муфти – Джами («Мечеть Муфтия»). Это массивное сооружение в виде куба, перекрытого мощным полусферическим куполом. К мечети пристроен высокий минарет с балкончиком. Храм сложен из бутового камня, слои которого чередуются с рядами кладки из плоского кирпича — плинфы. Во дворе нашего музея хранится мраморная закладная плита этой мечети. Арабская надпись на этой плите говорит о том. сто Муфти – Джами строилась с 1623 по 1637 год.
В Кефе имелись две синагоги, насколько десятков христианских храмов: греческих – православных, армянских, католических. В турецкий период город превратился в один из центров православной епархии, епископы которой носили титул митрополитов Кефейских и Готфейских (Каффских и Готских).
Турецкая Кефе была многолюдным, многонациональным, городом. Говоря о численности населения Кефе, путешественники XVII века называют цифру 80 тысяч жителей в самом городе и огромнейших предместьях. Здесь проживали армяне, греки, татары, турки, евреи, цыгане и др. Несмотря на некоторое увеличение доли мусульман в составе населения города, турецкая Кефе продолжала оставаться городом с преимущественно христианским населением. Город был относительно благоустроен – здесь работал построенный еще в генуэзскую эпоху водопровод. Фонтанов было огромное множество, но в некоторых из них вода была соленая. Эвлия Челеби говорит о 105 небольших питьевых фонтанах и 20 монументальных фонтанах. В 70–е – 80–е годы XVIII века в городе имелось более 30 действующих фонтанов, не считая многочисленных «колодцев» (небольших водоемов) во дворах жителей, куда подходили трубы водопровода. В экспозиции представлен рисунок сохранившегося армянского фонтана 1586 года постройки. В Кефе также имелось несколько десятков традиционных для исламских народов бань, работала городская канализация.