Вместе с падением генуэзских колоний в Крыму прекратилось независимое существование Крымского Ханства. С этого времени оно становится в вассальные отношения к Турецкой Империи. Турецкий султан оставил в своем непосредственном подчинении отнятые им у генуэзцев владения. Не смотря на разорение, Каффа вскоре оправляется и становится, благодаря своему географическому положению и экономическим возможностям, главным опорным пунктом турецкой власти в Крыму.
Здесь находился значительный турецкий гарнизон и жил представитель султана — паша, который имел непосредственное наблюдение за татарским ханством и не раз играл решающую роль в его истории. Турки, находившиеся в общем ещё в стадии натурального хозяйства, не могли взять непосредственно в свои руки всю черноморскую торговлю, и ограничились лишь взиманием в свою пользу торговых пошлин в приморских городах. В связи с этим, Каффа, начавшая называться теперь Кефе, наряду с турками и татарами постепенно заселялась попрежнему торговцами разных национальностей, среди которых вскоре оказались и, итальянцы. Вместе с тем начинаются довольно оживленные торговые сношения с Россией, при чем русские купцы получают даже разрешение на постройку в Кефе своего храма. Город снова приобретает постепенно международное значение, но процесс эгот идет довольно медленно.
Вот как описывает его спустя его лет по завоевании турками польский посол Мартин Броневский: „Каффа» или Феодосия один из славнейших городов Таврического полуострова, очень хорошо укрепленный… Пристань его хороша и часто посещается. Город потерял много блеску и величия. Римские христианские церкви уничтожены, домы разрушены, и башни, на которых видны многие генуэзские гербы и латинские надписи, лежат в развалинах… В нем живут теперь турки, армяне, евреи, итальянцы и греки, его торговля и пристань и теперь еще известны в Тавриде, его окружают виноградники и сады, которые тянутся на безконечное пространство» (Мартин Броневский. Описание Крыма. Записки Одесск. Общ. ист. и древн. т. VI).
В семнадцатом веке Кефе достигает еще большего процветания и былого значения международного порта. Здесь попрежнему сходятся торговые пути между дальним и ближним Востоком, а также начинают притекать товары и из Западной Европы, как морем, так и сушей. Особенно оживленно идет в этот период торговля рабами. Кефе становится теперь самым крупным рабовтадельческим рынком, поставляющим рабов всему Востоку, благодаря набегам татар на Росси.о, Украину и Польшу, а также с Кавказа.
Город к этому времени вновь приобретает блестящий внешний вид. Строятся великолепные мечети, прекрасные мраморные бани, восстанавливаются городские фонтаны. Порт наполняется иностранными кораблями. К городу тянутся караваны из далекой Польши, России и Азии. Кефе растет, богатеет и вскоре получает у турок наименование „Кучук Стамбул» (Маленький Константинополь).
По Описанию жившего здесь долгое время доминиканца Эмиддио д’Асколи (1634 г.), — „Кафа изобилует мясом, винами, рыбой, молочным скотом и плодами, а зимой углем и дровами. В город через ворота в Татарию ежедневно въезжают 500, 600, 900 и до тысячи телег, а под вечер ни на одной из них не остается ничего для продажи. Кафа очень бойкий торговый город, куда съезжаются купцы из Константинополя, Азии, Персии… Турки, имеют там до 70 мечетей, греки до 15 церквей и митрополита, у армян до 28 церквей и епископ, у евреев 2 синагоги» (Эмиддио Дортелли д’Асколи. Описание Чёрного моря и татарии.).
В восемнадцатом веке торговое значение Кефе становится столь великим, что на нее начинают обращать усиленное внимание западно-европейские купцы, стремившиеся овладеть этим международным рынком. Французский писатель Пейсонель следующими словами характеризует Кефе периода 1759—1762 г. г.: „Этот город хорошо построен и густо населен, жителей в нем более восьмидесяти тысяч, включая пять или шесть тысяч греческих райев, армян, католиков, христиан и евреев… К нему пристает много кораблей из Азии, Европы, даже иногда морские суда из Александрии. В нем торгуют большим количеством ввозных товаров и можно сильно снабдиться вывозными, но те и другие дороги вследствие большого стечения купцов» (Пейсонель. Заметки о торговле на Черном море, рукоп.).
Конец XVIII века был временем последнего пышного расцвета Кефе, как международного рынка, сменившегося при русских долгими годами упадка. В качестве главного опорного пункта турецкой власти в Крыму Кефе при воруженных конфликтах с русскими прежде всего привлекала к себе их внимание. Во время турецкой войны, предшедствовавшей присоединению Крыма к России (1768-1784 г.) русские войска в первую очередь заняли Керчь и Кефе (1771 г).
Кефе защищалась весьма упорно, и лишь после уничтожения всего гарнизона была взята русскими, при чем большинство жителей бежало на кораблях в Турцию. Осталось лишь христианское население, которое в 1779 г. в свою очередь было выселено за пределы Крыма по распоряжению русских властей под предлогом защиты его от татарского угнетения.
В 1774 году, после заключения Россией с Турцией Кучук-Кайнарджийского мира, Крым был объявлен независимым от Турции, и русские войска были выведены из Кефе. Вновь Кефе была ими занята после попытки татарско-турецкого восстания. И в 1873 году Крым был окончательно присоединен к России.