С воцарением императора Павла І Таврическая область была ликвидирована, а крымским городам вернули названия, которые они носили до присоединения полуострова к Российской империи [52, c. 4-6; 53, c. 195; 54, c. 172, 178, 182]. Симферополь вновь стал Ак-Мечетью, Евпатория – Козловом, Севастополь – Ахтиаром. Но Феодосия – Кафа — не упоминается в списках вновь переименованных городов, потому что к тому времени жизнь здесь практически замерла. Так, крупнейший в недавнем прошлом город Крымского полуострова не вошел – указы от 12 (23) декабря 1796 г. и от 29 августа (9 сентября) 1797г. – в число штатных городов восстановленной Новороссийской губернии [25, c. 695]. И, видимо, поэтому не было необходимости в официальном изменении названия заброшенного города.
При учреждении в Крыму порто-франко Феодосия была восстановлена в статусе города – указ от 13 (24) февраля 1798 г. – и назначена «главным пристанищем для приезжающих в Крым греков» [25, c. 695; 52, c. 14-18]. Город сохранил свое официальное греческое название «Феодосия».
Но порто-франко на Крымском полуострове было ликвидировано уже в конце 1799 г., а Феодосия утратила все дарованные ей привилегии [55,c.42]. Возможно, в связи с этим город все же стал Кафой (Кефой). Указания на изменение названия города на рубеже XVIII-XIX вв. содержатся в «Путешествии по Крыму…» академика П. С. Палласа, в «Путешествии в полуденную Россию» В.Измайлова [1, c. 47; 56, c. 71. Прим.]. В одном из статистических документов лета 1802 г. упоминается «Кефа», «портовый город Кафа или Феодосия» [57, c. 165, 171].
При императоре Александре I была – 10 (22) октября 1802 г. – образована Таврическая губерния, в которой Феодосия стала уездным и портовым городом, а с 1804 г. – центром отдельного градоначальства [25, c .695; 52, c. 42-43, 44 ,47]. С этого времени за городом навсегда закрепилось официальное название «Феодосия».
Вообще же, в конце XVIIІ – первой половине ХІХ века названия «Кафа» («Кефа»), «Каффа» часто употреблялись наравне или даже вместо топонима «Феодосия» [58, c. 42, 47; 59, c. 56-57; 60, p. 305, 307, 309, 310, 316; 15, p. 135-137; 61, c. 520]. Даже во второй половине ХІХ в. как Кафа город был «более известен в Европе, нежели под именем Феодосии» [62, c. 25].
Таким образом, скорее всего переименование города Кефы (Кафы) в Феодосию произошло 8–10 февраля (по старому стилю) 1784 г. С ликвидацией Таврической области в декабре 1796 г. Феодосию, не вошедшую в число штатных городов Новороссийской губернии, не затронула волна новых переименований. Более того, под греческим названием «Феодосия» она была восстановлена в статусе города 13(24) февраля 1798 г. Не вызывает сомнений, что сохранением в 1798 г. имени, полученного в екатерининскую эпоху, город был обязан своему значению места поселения греков на Крымском полуострове при порто-франко. С отменой же режима свободной торговли в конце 1799 г. город, по-видимому, официально именовался «Кефой» («Кафой»), или же носил двойное название «Кафа или Феодосия». С октября 1802 г. за этим населенным пунктом навсегда закрепился топоним «Феодосия»[63]. Путаница в датировке факта переименования города произошла потому, что за дату переименования многие авторы принимали поворотные события в истории Феодосии конца XVIII — начала ХІХ в.[64]